保稅核注清單是金關(guān)二期加工貿(mào)易和保稅系統(tǒng)的專用單證，是所有金關(guān)二期保稅底賬的進、出、轉(zhuǎn)、存的唯一憑證。

通俗來說，對于設(shè)立了金關(guān)二期保稅賬冊的企業(yè)，保稅底賬的核增核減有了新規(guī)定，報關(guān)單不再直接承擔(dān)保稅底賬核注功能，這是海關(guān)保稅底賬管理的一項創(chuàng)新舉措。

其作用主要包括：

• 全面支持企業(yè)料號級管理的需求，可實現(xiàn)企業(yè)料號級管理，通關(guān)項號級申報。
• 簡化了保稅貨物流轉(zhuǎn)手續(xù)，凡是設(shè)立了金關(guān)二期保稅賬冊的企業(yè)，辦理加工貿(mào)易貨物余料結(jié)轉(zhuǎn)、加工貿(mào)易貨物銷毀（處置后未獲得收入）、加工貿(mào)易不作價設(shè)備結(jié)轉(zhuǎn)手續(xù)的，可不再辦理報關(guān)單申報手續(xù)。
• 對于海關(guān)特殊監(jiān)管區(qū)域、保稅監(jiān)管場所間或與區(qū)（場所）外企業(yè)間進出貨物的，區(qū)（場所）內(nèi)企業(yè)可不再辦理備案清單申報手續(xù)。

在辦理貨物進出境、進出海關(guān)特殊監(jiān)管區(qū)域、保稅監(jiān)管場所，以及開展海關(guān)特殊監(jiān)管區(qū)域、保稅監(jiān)管場所、加工貿(mào)易企業(yè)間保稅貨物流（結(jié)）轉(zhuǎn)業(yè)務(wù)時，相關(guān)企業(yè)應(yīng)向海關(guān)報送保稅核注清單數(shù)據(jù)信息，再根據(jù)實際業(yè)務(wù)需要辦理報關(guān)手續(xù)。

需要注意的是，核注清單與報關(guān)單有一定區(qū)別。主要區(qū)別在于商品信息：核注清單是反映企業(yè)生產(chǎn)實際的料號級商品；而報關(guān)單是用于通關(guān)、料號級數(shù)據(jù)經(jīng)過歸并匯總的項號級商品，兩級數(shù)據(jù)需要保持一致。在其他方面，兩者的用途、申報要求和表體商品項數(shù)等也有所不同。用途上，前者用于保稅賬冊底賬核扣，后者用于辦理相關(guān)稅費及貿(mào)易統(tǒng)計；申報要求上，前者不申報完整的申報要素、運輸工具信息和隨附單據(jù)，后者則需申報完整的申報要素、運輸工具信息并上傳隨附單據(jù)；表體商品項數(shù)上，前者限制小于 1000 項，后者限制小于 50 項。核注清單和報關(guān)單的數(shù)量關(guān)系是一對一（需要報關(guān)）或一對零（不需要報關(guān)），并且清單必須有保稅底賬與之對應(yīng)，底賬可以為賬冊、手冊等。

如果核注清單做錯了，需要進行修改或撤銷時，要注意以下幾點：

1. 報關(guān)單（備案清單）與保稅核注清單應(yīng)一并撤銷，一同修改，兩者同生共滅。
2. 修改項目涉及保稅底賬已備案數(shù)據(jù)的，要先變更底賬，從源頭改起。
3. 保稅底賬已核銷的，一律不得刪改。

另外，在一些特定情況下，如橫琴粵澳深度合作區(qū)進口貨物免稅管理中，免稅進口主體在申報進口免稅貨物前，需通過公服平臺填報免稅貨物核注清單，并傳輸至海關(guān)信息管理系統(tǒng)。經(jīng)海關(guān)確認(rèn)核注清單中免稅進口主體和進口商品等相關(guān)內(nèi)容與備案信息相符后，才能進行后續(xù)的進境貨物備案清單申報等操作。在海關(guān)監(jiān)管年限內(nèi)，免稅進口主體還需按規(guī)定進行自主核報、提交年度報告等，涉及免稅貨物的轉(zhuǎn)讓、移作他用、貸款抵押等情況，也需要按照相關(guān)規(guī)定辦理核注清單的填報等手續(xù)。

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